闽台神缘一脉传承，包括妈祖、关帝、保生大帝、临水娘娘在内的台湾各大民间信仰都是分灵自福建；两岸宗教特别是佛教、道教，更是同宗同源，法乳一脉。二十几年来，“两岸同烧一炷香”的默契感越来越强，闽台之间络绎不绝的宗教及民间信仰交流交往，成为联系两地民众的感情纽带，不断推动着闽台民众的感情沟通和商贸往来。闽台宗教文化交流互动，在海峡两岸文化交流中扮演着重要角色。

“灵妃一女子，瓣香起湄洲”，台湾民众最为信仰的神祇妈祖出生于福建莆田湄洲岛。台湾较早的妈祖庙，其大多数是由湄洲祖庙分灵至台。截至目前，台湾共有大型妈祖庙500多座，信众占台湾人口的2/3。早期的妈祖庙，在例定诞辰日有“遥拜”仪式，即在行“三跪九叩”礼节时，一律面向莆田湄洲祖庙施行。如今，每年有近10万人次台湾妈祖信众赴湄洲妈祖祖庙谒祖进香，湄洲妈祖祖庙董事会也多次组织团队赴台进行妈祖文化交流，妈祖文化已成为沟通两岸同胞，发展两岸关系的桥梁和纽带。

东山与台湾隔海相望，是大陆沿海距澎湖最近的地方，东山关帝庙是台湾900多座关帝庙的祖庙。明嘉靖四十年(1563)明政府重设澎湖巡检司，派兵驻守。明万历二十年(1592)明政府增设“澎湖游兵”，调铜山水寨等官兵分班轮戍，铜山水寨官兵胸前都挂着“铜陵关圣帝君”祈求平安。部分官兵留居台湾本岛和澎湖，成家立业，这些人奉祀关帝香火于居留地建庙，作为保护神。随着东山关帝庙分灵到台湾，关帝文化也相继传入。

保生大帝是两岸人民共同供奉的医药神。明末清初，移民到台湾的漳、泉百姓都携保生大帝的神像同往，既保佑他们平安渡过台湾海峡，又保佑他们在创业道路上能战胜疾病等自然灾害。所以，各地的保生大帝庙信众甚多，仅台湾就有400余座保生大帝庙。

陈靖姑信仰漂洋入台与福州地区百姓移民台湾密不可分。随着福州人入台定居数量增多，更由于缺医少药的严酷现实，为祈求女神护佑妇孺，临水宫在台湾各地应运而生。台南白河镇南台临水宫建于清初顺治年间，被认为是台湾开基临水宫。此后，临水夫人作为扶胎保育女神的信仰在台湾岛逐渐传播开来，渐渐也为当地百姓所普遍信奉。