从1919年5月至7月间列宁发给斯大林的电报来看，斯大林被派到彼得格勒去不是为了解除该城的被围，而是为了去镇压那里的军中骚乱和社会上反对苏维埃政权的破坏活动。列宁在5月27日给斯大林的电报中称这些活动为“有组织的背叛”，因此他指示斯大林：“请求您要对这些情况加强关注并采取揭露这些阴谋的紧急措施。”

斯大林到彼得格勒后采取了紧急措施，其中包括遣散所有的大使馆和外国人。但是，在所揭发的阴谋中，斯大林却把矛头指向了共和国革命军事委员会和托洛茨基的人，甚至中央和列宁。1919年6月4日，斯大林在给列宁的电报中明确指出，阴谋的后台就是总参谋部和野战司令部，也就是共和国革命军事委员会。

列宁对斯大林利用自己惩治对方一派的做法甚为担心，数次给斯大林电报要他做好军队的团结工作。斯大林“拿下”“红色哥尔卡”和“灰马”两炮台并没有彻底解决苏维埃共和国来自海上的威胁。

斯大林在战斗中不惜炮弹，不惜代价，这种浪费弹药的作战也遭到了列宁的批评：“您应该竭尽全力地节约炮弹，以及其他的弹药。”这一切表明，斯大林对舰船制造总局的反对实质上并不是为了真正去发展海军，而是借此去惩治反对他的人。1919年7月3日，也就是在斯大林刚刚回到莫斯科后，俄共（布）中央改组了共和国革命军事委员会。新的共和国革命军事委员会将要全面主持包括南方战线在内的作战事务，托洛茨基和斯大林的矛盾又在所难免，托洛茨基突然提出辞呈。7月5日，俄共（布）中央组织局和政治局联合作出决议：“中央组织局和政治局坚信，在目前情况下托洛茨基同志辞职绝对不行，那将对共和国贻害无穷……组织局和政治局既不接受托洛茨基同志退出政治局的要求，也不接受他辞去共和国革命军事委员会主席（陆海军人民委员）职务的要求。”

在这场最高领导人的争斗风暴中，唯一受损的是总司令瓦采季斯。在7月3日改组共和国革命军事委员会的决议中，他被免去了总司令一职：“授予瓦采季斯名誉军事职务并给予优厚的薪金。具体任命由政治局批准。”但在5天后，即7月8日，情况发生了逆转，由列宁手书，捷尔任斯基、克列斯廷斯基、列宁和斯克良斯基四人联合签名的一封信件决定了瓦采季斯的命运，这个信件是专门发给托洛茨基的：“多莫日罗夫的叛变活动已被彻底查清，他对此供认不讳，供出了有关一次密谋活动的事实。伊萨耶夫积极参与了这一密谋活动，长期以来他一直担任总司令分配的工作，与总司令住在一套房子里。多莫日罗夫还供出了许多其他罪证以及揭露总司令了解这个秘密活动的一系列材料。必须逮捕总司令。”于是，瓦采季斯被逮捕、送进了监狱。

所有这些事件是年轻的苏维埃共和国在政治层面上所遭遇的困难，但它们却深刻地影响到了这一时期军事工业的发展。由于国内战争主要是在俄罗斯本土进行，因此保证野战部队的急需是当务之急。而斯大林在动用波罗的海部分舰船时，其希望也不完全在于振兴舰队和海军，所以，以炮兵总管理局为核心的“陆派”势力强大，当时军事工业就仍然以很大的力量集中于弹药的生产、订货和分配上，并且其主要的生产基地就是彼得格勒的各个工厂。1919年6月18日，特供委员会的会议纪要就反映了这一事实和趋势：

“承认给予彼得格勒工厂的所有国防订货都是必需的，经研究，决定将这些订货按照其完成情况分为两类，即：划归第一类的订货为，对于国防有特别重大意义，应该无条件地、持续进行下去的订货和对于国防的重大意义次之，但可以在最短期限内，即在一个半月内能全部或部分完成的订货；划归第二类的订货为，对于国防的重大意义次之，但不能在上述期限内完成的订货；以及根据其对国防的重要程度或暂停或取消的订货。第一类的订货靠第二类来完成。”

这份纪要表明苏维埃共和国的军事工业的发展又前进了一步。在军事工业优于民用工业的严格划分下，军事工业的订货又按照对于“国防的重大意义的程度”进行了划分。这使订货制度成为军事工业发展的基础，而这在那个时期“国防的重大意义”则完全取决于国内战场上的军事进展情况。随着订货的分类，苏维埃俄国的指令性生产原则——国家订货制形成并快速发展。

根据这份纪要，海军和空军总管理局的工厂也要实行两类订货制：“请海军部门代表和格罗曼同志在6月23日星期一前对在海军订货方面的问题作出答复”，“建议航空制造总管理局的代表也要在这一时期前与红空军总管理局谈妥所有订货的事。至于海军飞机，则与海军航空总管理局在一周内商定。”

在全力保证作战所需的弹药外，海军和空军的订货在这一时期并没有获得实质性的进展。斯大林坚持要扩建的波罗的海舰队没有能完成：“斯维特兰娜”轻型巡洋舰直到斯大林开始执行第一个五年计划时才建造完毕；驱逐舰和扫雷艇也是这一时期完成建造。这些舰船到20世纪30年代才成为波罗的海舰队的核心舰船。